کتاب طراحی حرفه‌ای آزمایش‌های داکینگ مولکولی؛ از آماده‌سازی ساختار تا اعتبارسنجی نتایج با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره طراحی حرفه‌ای آزمایش‌های داکینگ مولکولی؛ از آماده‌سازی ساختار تا اعتبارسنجی نتایج

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی

موضوع میانی: طراحی و تحلیل آزمایش‌های داکینگ مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی داکینگ مولکولی و نقش آن در کشف دارو
• 2. مفاهیم برهم‌کنش لیگاند و گیرنده
• 3. انواع روش‌های Molecular Docking
• 4. تفاوت داکینگ سخت، انعطاف‌پذیر و نیمه‌انعطاف‌پذیر
• 5. فضای جست‌وجوی پوزهای اتصال
• 6. توابع امتیازدهی و پیش‌بینی انرژی اتصال
• 7. محدودیت‌ها و فرضیات آزمایش‌های داکینگ
• 8. طراحی سؤال پژوهشی برای یک آزمایش داکینگ
• 9. انتخاب پروتئین هدف مناسب
• 10. انتخاب ساختار سه‌بعدی پروتئین از پایگاه‌های داده
• 11. مقایسه ساختارهای تجربی و مدل‌سازی‌شده
• 12. انتخاب ساختار پروتئین بر اساس Resolution و کیفیت
• 13. شناسایی جایگاه فعال و محل اتصال لیگاند
• 14. بررسی لیگاندهای هم‌بلور و ساختارهای کمپلکس
• 15. آماده‌سازی ساختار پروتئین برای داکینگ
• 16. مدیریت آب‌های ساختاری در جایگاه اتصال
• 17. بررسی کوفاکتورها و یون‌های فلزی
• 18. تعیین وضعیت پروتوناسیون پروتئین
• 19. مدیریت باقی‌مانده‌های انعطاف‌پذیر
• 20. شناسایی و اصلاح خطاهای ساختاری پروتئین
• 21. انتخاب و آماده‌سازی لیگاندها
• 22. استانداردسازی ساختار شیمیایی لیگاند
• 23. تعیین Protonation State لیگاند
• 24. مدیریت Tautomerها و ایزومرها
• 25. تولید Conformerهای سه‌بعدی لیگاند
• 26. بهینه‌سازی هندسه و انرژی لیگاند
• 27. مدیریت Chiral Centerها و Stereo-isomerها
• 28. انتخاب مجموعه لیگاند برای Virtual Screening
• 29. تعریف Binding Site و Grid Box
• 30. انتخاب ابعاد مناسب فضای جست‌وجو
• 31. تنظیم پارامترهای جست‌وجوی داکینگ
• 32. کنترل Exhaustiveness و Sampling
• 33. مدیریت انعطاف‌پذیری لیگاند در فرآیند داکینگ
• 34. مدیریت انعطاف‌پذیری گیرنده
• 35. انتخاب الگوریتم مناسب برای Docking
• 36. اجرای آزمایش داکینگ با AutoDock و AutoDock Vina
• 37. اجرای داکینگ با روش‌های مبتنی بر Scoring Function
• 38. طراحی آزمایش برای چندین لیگاند
• 39. طراحی آزمایش برای چندین پروتئین یا Target
• 40. مدیریت Batch Docking و پردازش خودکار
• 41. ثبت پارامترها و شرایط اجرای آزمایش
• 42. کنترل کیفیت خروجی‌های داکینگ
• 43. بررسی Poseهای اتصال پیش‌بینی‌شده
• 44. تحلیل انرژی و امتیازهای Docking
• 45. مقایسه Ranking لیگاندها
• 46. تحلیل برهم‌کنش‌های هیدروژنی
• 47. تحلیل برهم‌کنش‌های آب‌گریز
• 48. تحلیل برهم‌کنش‌های π-π و π-cation
• 49. تحلیل برهم‌کنش‌های الکترواستاتیکی
• 50. بررسی فاصله و هندسه برهم‌کنش‌ها
• 51. تحلیل Residueهای کلیدی در جایگاه اتصال
• 52. خوشه‌بندی Poseهای مشابه
• 53. انتخاب بهترین Pose از میان نتایج
• 54. مقایسه نتایج با لیگاند مرجع
• 55. Redocking و ارزیابی بازتولید حالت اتصال
• 56. اعتبارسنجی پروتکل داکینگ با RMSD
• 57. تحلیل حساسیت نتایج نسبت به پارامترهای داکینگ
• 58. بررسی پایداری Ranking لیگاندها
• 59. مقایسه چند Scoring Function
• 60. شناسایی False Positive و False Negative
• 61. ارزیابی Virtual Screening و معیارهای عملکرد
• 62. تحلیل ROC و Precision-Recall در غربالگری مجازی
• 63. کنترل Bias در طراحی آزمایش داکینگ
• 64. مقایسه نتایج محاسباتی با داده‌های تجربی
• 65. ترکیب Docking با Molecular Dynamics
• 66. استفاده از Molecular Dynamics برای اعتبارسنجی Poseها
• 67. تحلیل Binding Free Energy پس از داکینگ
• 68. کاربرد MM-PBSA و MM-GBSA در ارزیابی اتصال
• 69. طراحی Pipeline کامل برای آزمایش داکینگ
• 70. اتوماسیون آزمایش‌های داکینگ با Python
• 71. پردازش و تحلیل انبوه نتایج داکینگ
• 72. مدیریت داده‌ها و Reproducibility آزمایش
• 73. مستندسازی کامل پروتکل محاسباتی
• 74. تفسیر علمی نتایج و تشخیص ادعاهای بیش‌ازحد
• 75. طراحی یک مطالعه داکینگ قابل انتشار
• 76. ساخت Workflow نهایی از آماده‌سازی تا اعتبارسنجی