کتاب تحلیل رپرتوارهای BCR و TCR از داده‌های 5′ تک‌سلولی؛ از پردازش توالی تا کشف کلون‌های ایمنی با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل رپرتوارهای BCR و TCR از داده‌های 5′ تک‌سلولی؛ از پردازش توالی تا کشف کلون‌های ایمنی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی

موضوع میانی: تحلیل داده‌های توالی‌یابی ایمنی و رپرتوارهای سلول‌های B و T

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی رپرتوارهای ایمنی و گیرنده‌های BCR و TCR
• 2. ساختار مولکولی و تنوع BCR و TCR
• 3. تفاوت رپرتوارهای سلول‌های B و T
• 4. فرآیند V(D)J Recombination و ایجاد تنوع گیرنده‌ها
• 5. تنوع ژنتیکی و کلونال در رپرتوارهای BCR و TCR
• 6. مفاهیم کلون، کلونوتایپ و Clonotype
• 7. مفهوم زنجیره‌های سنگین و سبک در BCR
• 8. زنجیره‌های آلفا و بتا در TCR
• 9. اهمیت داده‌های 5′ در تحلیل گیرنده‌های ایمنی
• 10. آشنایی با فناوری Single-Cell 5′ RNA Sequencing
• 11. ساختار داده‌های خروجی آزمایش‌های 5′ تک‌سلولی
• 12. ارتباط داده‌های بیان ژن با توالی گیرنده‌های ایمنی
• 13. آماده‌سازی محیط تحلیل و ابزارهای موردنیاز
• 14. ساختار فایل‌های FASTQ و اطلاعات Barcode و UMI
• 15. کنترل کیفیت داده‌های خام 5′
• 16. فیلترکردن سلول‌ها بر اساس کیفیت توالی
• 17. شناسایی Barcodeهای معتبر سلولی
• 18. پردازش UMIها و حذف خطاهای PCR
• 19. استخراج توالی‌های BCR و TCR از داده‌های خام
• 20. تطبیق توالی‌ها با Barcode سلول‌ها
• 21. Assembly توالی‌های V(D)J
• 22. تشخیص Segmentهای V، D و J
• 23. تعیین ژن‌های Variable و Constant
• 24. شناسایی CDR3 در توالی‌های BCR و TCR
• 25. تعیین Chain Type در BCR و TCR
• 26. تشخیص زنجیره‌های سنگین و سبک BCR
• 27. تشخیص زنجیره‌های TCR Alpha و Beta
• 28. مدیریت توالی‌های ناقص و غیرقابل‌اعتماد
• 29. شناسایی و حذف توالی‌های غیرمولد
• 30. تشخیص Rearrangementهای مولد و غیرمولد
• 31. ساخت جدول Clonotypeهای BCR
• 32. ساخت جدول Clonotypeهای TCR
• 33. تعریف شناسه یکتای Clonotype
• 34. تحلیل فراوانی Clonotypeها
• 35. محاسبه Abundance و Expansion کلون‌ها
• 36. شناسایی کلون‌های غالب
• 37. تحلیل Pairing بین زنجیره‌های گیرنده
• 38. بازسازی Paired BCR و TCR
• 39. تحلیل ارتباط بین Clonotype و Cell Barcode
• 40. ترکیب داده‌های V(D)J با داده‌های Gene Expression
• 41. ترکیب داده‌های گیرنده با اطلاعات Phenotype سلولی
• 42. شناسایی Cell Typeهای دارای رپرتوارهای متفاوت
• 43. تحلیل رپرتوار در سطح Single Cell
• 44. تحلیل تنوع کلونال در جمعیت‌های سلولی
• 45. محاسبه شاخص‌های تنوع رپرتوار
• 46. تحلیل Richness و Evenness رپرتوار
• 47. مقایسه رپرتوارهای BCR و TCR بین نمونه‌ها
• 48. مقایسه رپرتوار بین Cell Typeهای مختلف
• 49. شناسایی Clonal Expansion در سلول‌های ایمنی
• 50. بررسی اشتراک Clonotypeها بین نمونه‌ها
• 51. تحلیل Shared و Private Clonotypeها
• 52. بررسی ارتباط کلونوتایپ‌ها با وضعیت سلولی
• 53. تحلیل Somatic Hypermutation در BCR
• 54. تحلیل Class-Switch Recombination در سلول‌های B
• 55. بررسی Isotype و Constant Region در BCR
• 56. تحلیل تنوع CDR3 در BCR
• 57. تحلیل تنوع CDR3 در TCR
• 58. شناسایی الگوهای مشترک در توالی‌های گیرنده
• 59. تحلیل فاصله و شباهت بین Clonotypeها
• 60. ساخت شبکه‌های شباهت کلونوتایپ‌ها
• 61. تحلیل ارتباط رپرتوار با پاسخ ایمنی
• 62. شناسایی الگوهای غیرعادی در رپرتوار
• 63. مدیریت خطاهای Sequencing و Annotation
• 64. تأثیر عمق توالی‌یابی بر تحلیل رپرتوار
• 65. تأثیر Dropout در داده‌های Single-Cell
• 66. کنترل Biasهای تکنیکی و بیولوژیکی
• 67. اعتبارسنجی نتایج تحلیل BCR و TCR
• 68. تفسیر زیستی نتایج رپرتوار
• 69. طراحی یک Pipeline کامل برای تحلیل داده‌های 5′
• 70. تولید خروجی‌های استاندارد برای تحلیل‌های بعدی
• 71. مصورسازی فراوانی و تنوع Clonotypeها
• 72. گزارش‌گیری و مستندسازی نتایج
• 73. مقایسه چند نمونه در یک مطالعه Single-Cell
• 74. طراحی یک پروژه عملی تحلیل BCR و TCR
• 75. از داده خام تا رپرتوار نهایی؛ اجرای یک Workflow کامل