کتاب آموزش کاربردی تحلیل و پردازش توالی‌های DNA و RNA با زبان برنامه‌نویسی R با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش کاربردی تحلیل و پردازش توالی‌های DNA و RNA با زبان برنامه‌نویسی R

موضوع کلی: زیست‌فناوری و علوم محاسباتی (بیوانفورماتیک)

موضوع میانی: تحلیل داده‌های ژنتیکی و توالی‌یابی مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی زیست‌فناوری و اهمیت تحلیل داده‌های زیستی
• 2. آشنایی با محیط برنامه‌نویسی R و بسته‌های تخصصی بیوانفورماتیک
• 3. ساختار مولکولی DNA و RNA و نمایش آن‌ها در قالب داده‌های دیجیتال
• 4. مفاهیم پایه در توالی‌یابی نسل جدید NGS و فرمت‌های استاندارد داده
• 5. نصب و راه‌اندازی ابزارهای پردازش توالی در سیستم‌عامل
• 6. کار با رشته‌های متنی در R برای مدیریت توالی‌های زیستی
• 7. معرفی کتابخانه‌های تخصصی Bioconductor
• 8. خواندن و بارگذاری فایل‌های توالی با فرمت FASTA در R
• 9. مدیریت و دستکاری فایل‌های FASTQ و ارزیابی کیفیت داده‌های خام
• 10. استفاده از ابزارهای کنترل کیفیت توالی‌ها و حذف نویزهای داده‌ای
• 11. الگوریتم‌های پایه در هم‌ترازسازی توالی‌ها و مفهوم امتیازدهی
• 12. پیاده‌سازی الگوریتم‌های هم‌ترازسازی سراسری و محلی با زبان R
• 13. تحلیل ترکیب بازهای نوکلئوتیدی و بررسی محتوای GC
• 14. شناسایی الگوهای تکرار شونده و موتیف‌ها در توالی‌های DNA
• 15. کار با پایگاه‌های داده ژنومیک و استخراج داده‌های مرجع
• 16. پیش‌پردازش داده‌های بیان ژن RNA-Seq
• 17. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن برای حذف خطاهای سیستماتیک
• 18. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت با استفاده از بسته DESeq2
• 19. تحلیل آماری و بصری‌سازی نتایج بیان ژن
• 20. کاربرد تحلیل خوشه‌بندی در تفکیک نمونه‌های زیستی
• 21. بصری‌سازی توالی‌ها با استفاده از نمودارهای تخصصی و گراف‌ها
• 22. آشنایی با ساختار ژنوم و حاشیه‌نویسی ژن‌ها
• 23. استفاده از بسته‌های R برای تحلیل غنی‌سازی عملکردی ژن‌ها
• 24. بررسی تنوع ژنتیکی و چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی SNP
• 25. تحلیل ارتباطات آماری بین تغییرات ژنتیکی و ویژگی‌های زیستی
• 26. مدل‌سازی آماری در داده‌های توالی‌یابی RNA
• 27. پیش‌بینی ساختار ثانویه RNA با استفاده از ابزارهای محاسباتی
• 28. تحلیل داده‌های ChIP-Seq برای بررسی تعامل پروتئین و DNA
• 29. کار با داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی Single-cell RNA-seq
• 30. روش‌های کاهش ابعاد داده‌های بزرگ ژنومیک
• 31. ملاحظات اخلاقی و استانداردهای حفاظت از داده‌های ژنتیکی در پژوهش‌های ملی
• 32. بهینه‌سازی کدهای R برای پردازش حجم بالای داده‌های توالی‌یابی
• 33. گزارش‌نویسی علمی از نتایج تحلیل‌های بیوانفورماتیک
• 34. پروژه نهایی تحلیل یک مجموعه داده توالی‌یابی واقعی