کتاب راهنمای جامع تحلیل داده‌های ترانسکریپتومیک؛ از پردازش توالی‌های حجیم تا تحلیل‌های تک‌سلولی و بافتی با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره راهنمای جامع تحلیل داده‌های ترانسکریپتومیک؛ از پردازش توالی‌های حجیم تا تحلیل‌های تک‌سلولی و بافتی

موضوع کلی: زیست‌فناوری و علوم محاسباتی (بیوانفورماتیک)

موضوع میانی: تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) در تحقیقات زیستی

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی زیست‌شناسی مولکولی و ساختار اسیدهای نوکلئیک
• 2. آشنایی با فناوری‌های توالی‌یابی نسل جدید
• 3. مروری بر انواع داده‌های ترانسکریپتومیک و کاربردهای زیستی
• 4. اصول کار با محیط خط فرمان لینوکس در بیوانفورماتیک
• 5. مدیریت و سازماندهی داده‌های حجیم توالی‌یابی
• 6. کیفیت‌سنجی اولیه داده‌های خام با ابزار FastQC
• 7. روش‌های پیرایش و حذف آداپتورها از خوانش‌های خام
• 8. هم‌ترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع با استفاده از STAR
• 9. معرفی ابزارهای هم‌ترازی بدون مرجع و شبه‌هم‌ترازسازها
• 10. شمارش خوانش‌های نگاشت‌شده به ژن‌ها و تشکیل ماتریس بیان
• 11. تحلیل بیان ژن‌های افتراقی با استفاده از بسته نرم‌افزاری DESeq2
• 12. پیش‌پردازش و نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن
• 13. تحلیل‌های آماری برای شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت
• 14. تجسم داده‌های بیان ژن با استفاده از نمودارهای آتشفشانی و هیت‌مپ
• 15. تحلیل غنی‌سازی هستی‌شناسی ژن و مسیرهای متابولیک
• 16. مقدمه‌ای بر تحلیل داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی
• 17. کنترل کیفیت داده‌های تک‌سلولی و حذف سلول‌های دوتایی
• 18. نرمال‌سازی و کاهش نویز در داده‌های تک‌سلولی
• 19. کاهش ابعاد داده‌ها با استفاده از PCA و UMAP
• 20. خوشه‌بندی سلول‌ها و شناسایی جمعیت‌های سلولی
• 21. شناسایی ژن‌های شاخص برای هر خوشه سلولی
• 22. تفسیر زیستی خوشه‌های شناسایی‌شده در بافت‌های سالم و بیمار
• 23. مقدمه‌ای بر تحلیل ترانسکریپتومیک فضایی
• 24. پیش‌پردازش داده‌های ترانسکریپتومیک فضایی و نگاشت به اسلاید بافت
• 25. هم‌ترازی داده‌های بیان با تصاویر بافت‌شناسی
• 26. شناسایی نواحی دارای بیان ژن اختصاصی در بافت
• 27. یکپارچه‌سازی داده‌های تک‌سلولی و ترانسکریپتومیک فضایی
• 28. تحلیل مسیرهای پیام‌رسان بین سلولی در بافت
• 29. کاربرد تحلیل‌های ترانسکریپتومیک در مطالعات پزشکی دقیق
• 30. مدیریت اخلاق در داده‌های ژنومیک انسانی
• 31. مستندسازی و تکرارپذیری تحلیل‌های بیوانفورماتیکی
• 32. نکات پیشرفته در بهینه‌سازی محاسباتی تحلیل‌های سنگین
• 33. تفسیر نتایج بیوانفورماتیکی در چارچوب مطالعات آزمایشگاهی
• 34. گزارش‌نویسی علمی و مصورسازی نتایج برای مقالات پژوهشی