کتاب آموزش کاربردی تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) با ابزارهای Bioconductor با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش کاربردی تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) با ابزارهای Bioconductor

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیستی

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی بیوانفورماتیک و اهمیت تحلیل داده‌های زیستی
• 2. آشنایی با زبان برنامه‌نویسی R و محیط نرم‌افزاری RStudio
• 3. معرفی اکوسیستم Bioconductor و مدیریت بسته‌های نرم‌افزاری
• 4. ساختار داده‌های زیستی و اشیاء در Bioconductor
• 5. آشنایی با فرمت‌های رایج داده‌های توالی‌یابی مانند FASTQ
• 6. کنترل کیفیت داده‌های خام توالی‌یابی با ابزارهای FastQC
• 7. پیش‌پردازش و پیرایش داده‌های توالی‌یابی با استفاده از ShortRead
• 8. آشنایی با ژنوم‌های مرجع و پایگاه‌های داده‌های زیستی
• 9. تراز کردن توالی‌ها بر روی ژنوم مرجع با استفاده از Rsubread
• 10. مدیریت و پردازش فایل‌های تراز شده با فرمت BAM و SAM
• 11. کار با ابزارهای GenomicRanges برای تحلیل فواصل ژنومی
• 12. تجسم داده‌های توالی‌یابی و ترسیم نقشه‌های ژنومی
• 13. شمارش خوانش‌ها در نواحی ژنی برای تحلیل بیان ژن
• 14. آشنایی با بسته‌های تخصصی برای تحلیل داده‌های RNA-Seq
• 15. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن برای حذف خطاهای سیستماتیک
• 16. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت با استفاده از بسته DESeq2
• 17. تحلیل آماری و آزمون‌های معناداری در داده‌های ترانسکریپتومیک
• 18. تجسم نتایج بیان ژن با استفاده از نمودارهای Volcano و Heatmap
• 19. تجزیه و تحلیل خوشه‌ای و طبقه‌بندی نمونه‌های زیستی
• 20. آشنایی با داده‌های ChIP-Seq و تحلیل برهم‌کنش‌های پروتئین-DNA
• 21. شناسایی نواحی غنی‌شده در داده‌های ChIP-Seq با استفاده از Csaw
• 22. تحلیل غنی‌سازی مسیرهای زیستی و هستی‌شناسی ژن (GO)
• 23. کاربرد تحلیل‌های شبکه در داده‌های زیستی و تعاملات پروتئینی
• 24. مدیریت و تحلیل داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی (Single-cell RNA-Seq)
• 25. آشنایی با بسته‌های تخصصی تحلیل داده‌های تک‌سلولی مانند Seurat
• 26. کنترل کیفیت و کاهش ابعاد در داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی
• 27. خوشه‌بندی و شناسایی انواع سلول‌ها در تحلیل‌های تک‌سلولی
• 28. کاربرد بیوانفورماتیک در پزشکی شخصی‌سازی شده و تشخیص بیماری‌ها
• 29. اخلاق در پژوهش‌های زیست‌داده‌محور و صیانت از داده‌های ژنتیکی
• 30. مستندسازی و گزارش‌نویسی علمی برای تحلیل‌های بیوانفورماتیکی