دوره تحلیل تراز ژنومی: از اصول تا کاربردها همراه با فلش‌کارت آموزشی — ارائه روی فلش مموری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل تراز ژنومی: از اصول تا کاربردها

موضوع کلی: بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل ژنومیکس

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر تراز ژنومی و اهمیت آن در بیوانفورماتیک
• 2. ژنوم مرجع: انتخاب و آماده‌سازی
• 3. فرمت‌های فایل‌های تراز ژنومی (SAM/BAM/CRAM)
• 4. آشنایی با الگوریتم‌های تراز ژنومی (Needleman-Wunsch, Smith-Waterman)
• 5. نرم‌افزارهای تراز ژنومی: BWA، Bowtie، STAR
• 6. پیش‌پردازش داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS)
• 7. کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی و حذف آلودگی‌ها
• 8. تراز کردن توالی‌های کوتاه (Short Reads) به ژنوم مرجع
• 9. تراز کردن توالی‌های بلند (Long Reads) به ژنوم مرجع
• 10. تراز کردن توالی‌های RNA-Seq
• 11. تراز کردن توالی‌های متاژنومیک
• 12. مشکلات رایج در تراز ژنومی و راه‌حل‌ها
• 13. بهینه‌سازی پارامترهای تراز برای داده‌های مختلف
• 14. ارزیابی کیفیت تراز: معیارهای رایج (MAPQ، Coverage)
• 15. شناسایی و حذف ترازهای تکراری
• 16. تبدیل فرمت‌های تراز (SAM به BAM و غیره)
• 17. دستکاری فایل‌های BAM: مرتب‌سازی، ایندکس‌گذاری
• 18. استخراج اطلاعات از فایل‌های تراز: پوشش، عمق
• 19. شناسایی تنوع ژنتیکی (SNPs، Indels) با استفاده از ترازها
• 20. شناسایی تغییرات ساختاری (Structural Variations) با استفاده از ترازها
• 21. تحلیل تراز برای تعیین بیان ژن
• 22. تحلیل تراز برای شناسایی گوان‌ه شدن (Splicing)
• 23. تفسیر نتایج تراز ژنومی و گزارش‌گیری
• 24. کاربرد تراز ژنومی در مطالعات مقایسه‌ای ژنومیکس
• 25. تحلیل تراز ژنومی در بررسی تکامل ژن‌ها
• 26. تحلیل تراز ژنومی در تشخیص بیماری‌های ژنتیکی
• 27. تحلیل تراز ژنومی در پزشکی شخصی
• 28. تراز ژنوم‌های غیر انسانی
• 29. تراز ژنوم‌های چندگانه (Pan-Genome Analysis)
• 30. استفاده از پایگاه‌های داده تراز ژنومی
• 31. تحلیل تراز ژنومی با استفاده از زبان برنامه‌نویسی پایتون
• 32. تحلیل تراز ژنومی با استفاده از R
• 33. ابزارهای تصویرسازی تراز ژنومی (IGV، UCSC Genome Browser)
• 34. تحلیل تراز ژنومی در ابر (Cloud Computing)