دوره تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی: تکنیک‌ها و ابزارها همراه با فلش‌کارت آموزشی — ارائه روی فلش مموری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی: تکنیک‌ها و ابزارها

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و ژنومیکس

موضوع میانی: تحلیل داده‌های تک‌سلولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر متیلاسیون DNA در سلول‌های تک
• 2. اهمیت تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی
• 3. تکنیک‌های نسل جدید توالی‌یابی کل ژنوم (WGS) برای متیلاسیون
• 4. تکنیک‌های توالی‌یابی کل ژنوم کاهش یافته (Reduced Representation Genome Sequencing - RRGS)
• 5. تکنیک‌های توالی‌یابی بیسولفیت (Bisulfite Sequencing)
• 6. توالی‌یابی بیسولفیت کل ژنوم (WGBS) در تک‌سلول
• 7. توالی‌یابی بیسولفیت ناحیه‌ای (Targeted Bisulfite Sequencing)
• 8. متیلاسیون تک‌سلولی با استفاده از روش‌های مبتنی بر آنزیم
• 9. روش‌های مبتنی بر PCR برای تشخیص متیلاسیون تک‌سلولی
• 10. کیفیت داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی: کنترل کیفیت و فیلتر کردن
• 11. نرم‌افزارهای پیش‌پردازش داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی
• 12. نرم‌افزار Bismark برای تحلیل داده‌های توالی‌یابی بیسولفیت
• 13. نرم‌افزار MethylDackel برای تحلیل داده‌های متیلاسیون
• 14. همترازسازی (Alignment) داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی
• 15. شناسایی مناطق متیله شده (CpG islands)
• 16. تحلیل الگوهای متیلاسیون در ژن‌ها و مناطقی خاص
• 17. تعیین میزان پوشش متیلاسیون (Methylation Level)
• 18. نرم‌افزارهای نرمال‌سازی داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی
• 19. تحلیل تفاضلی متیلاسیون (Differential Methylation Analysis)
• 20. شناسایی DMRs (Differentially Methylated Regions)
• 21. استفاده از روش‌های آماری برای تعیین اهمیت DMRs
• 22. تحلیل خوشه‌بندی (Clustering) بر اساس الگوهای متیلاسیون
• 23. شناسایی زیرگروه‌های سلولی بر اساس متیلاسیون
• 24. تحلیل مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با تغییرات متیلاسیون
• 25. ارتباط متیلاسیون با بیان ژن در سطح تک‌سلولی
• 26. تحلیل متیلاسیون در تنظیم‌کننده‌های ژن (Enhancers)
• 27. تحلیل متیلاسیون در پروموترهای ژن (Promoters)
• 28. تحلیل متیلاسیون در نواحی اینترژنی
• 29. تحلیل متیلاسیون در سلول‌های سرطانی
• 30. تحلیل متیلاسیون در تمایز سلولی
• 31. تحلیل متیلاسیون در بیماری‌های خودایمنی
• 32. تحلیل متیلاسیون در بیماری‌های عصبی
• 33. تحلیل متیلاسیون در پیری
• 34. تحلیل داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی در بافت‌های مختلف
• 35. ابزارهای تجسم داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی
• 36. نرم‌افزار IGV برای تجسم داده‌های متیلاسیون
• 37. نرم‌افزار UCSC Genome Browser برای تجسم داده‌های متیلاسیون
• 38. تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی با استفاده از R و Bioconductor
• 39. تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی با استفاده از Python
• 40. مقدمه‌ای بر یادگیری ماشین در تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی
• 41. پیش‌بینی نوع سلول بر اساس الگوهای متیلاسیون
• 42. پیش‌بینی پاسخ به درمان بر اساس الگوهای متیلاسیون
• 43. چالش‌ها و محدودیت‌های تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی
• 44. روش‌های غنی‌سازی (enrichment) برای مناطق خاص ژنومی
• 45. تحلیل متیلاسیون DNA در کروموزوم X
• 46. تحلیل متیلاسیون DNA در تومورها
• 47. اثرات اپی‌ژنتیکی محیطی بر متیلاسیون تک‌سلولی
• 48. متیلاسیون و بیماری‌های نادر ژنتیکی
• 49. کاربردهای بالینی تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی
• 50. آینده‌ی تحلیل متیلاسیون تک‌سلولی