دوره آموزش جامع تحلیل داده‌های ژنومیک با بسته‌های Bioconductor در R همراه با فلش‌کارت آموزشی — ارائه روی فلش مموری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش جامع تحلیل داده‌های ژنومیک با بسته‌های Bioconductor در R

موضوع کلی: علوم داده و بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل داده‌های زیستی با زبان R

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی زبان R برای بیوانفورماتیک
• 2. نصب و پیکربندی محیط Bioconductor
• 3. مدیریت بسته‌ها و وابستگی‌ها در Bioconductor
• 4. ساختار داده‌های اختصاصی S4 در بیوانفورماتیک
• 5. کار با شیء پایه SummarizedExperiment
• 6. مدیریت داده‌های بیان ژن با ExpressionSet
• 7. وارد کردن داده‌های خام از فایل‌های FASTQ و BAM
• 8. پیش‌پردازش داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS)
• 9. کنترل کیفیت داده‌های بیولوژیکی
• 10. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن (Normalization)
• 11. حذف اثرات دسته‌ای (Batch Effect Removal)
• 12. تحلیل تفاوت بیان ژن (Differential Expression Analysis)
• 13. استفاده از بسته DESeq2 برای تحلیل بیان ژن
• 14. کار با بسته edgeR برای داده‌های شمارشی
• 15. تحلیل مسیرهای زیستی (Pathway Analysis)
• 16. استفاده از مجموعه داده‌های Gene Ontology (GO)
• 17. تحلیل غنی‌سازی مسیرهای KEGG
• 18. تجسم داده‌های ژنومیک با استفاده از Heatmaps
• 19. رسم نمودارهای Volcano Plot برای شناسایی ژن‌های معنادار
• 20. تحلیل خوشه‌بندی (Clustering) نمونه‌ها و ژن‌ها
• 21. کار با داده‌های Single-cell RNA-seq
• 22. استفاده از بسته‌های تخصصی تحلیل سلول‌های تک
• 23. تحلیل داده‌های ChIP-seq و شناسایی نقاط اتصال
• 24. کار با داده‌های Microarray در محیط Bioconductor
• 25. مدیریت پایگاه داده‌های ژنومیک در R
• 26. استخراج اطلاعات از AnnotationHub
• 27. استفاده از Biostrings برای تحلیل توالی‌های DNA و RNA
• 28. کار با شیء GRanges برای تحلیل‌های مبتنی بر موقعیت ژنومیک
• 29. تجسم داده‌های ژنومیک با Circos Plots در R
• 30. برون‌بری نتایج تحلیل‌های بیوانفورماتیک برای گزارش‌دهی