دوره استاد دکینگ: از تئوری تا کار عملی با Docking@Home همراه با فلش‌کارت آموزشی — ارائه روی فلش مموری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره استاد دکینگ: از تئوری تا کار عملی با Docking@Home

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و مدل‌سازی مولکولی

موضوع میانی: دکینگ مولکولی و طراحی دارو

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر دکینگ مولکولی و اهمیت آن در طراحی دارو
• 2. ساختارهای مولکولی: بازنگری مفاهیم پایه
• 3. بانک‌های اطلاعاتی پروتئین‌ها و لیگاندها: منابع و دسترسی
• 4. فرمت‌های فایل مولکولی: PDB، SDF و MOL2
• 5. آماده‌سازی پروتئین برای دکینگ: حذف آب، افزودن هیدروژن و تعیین بار
• 6. آماده‌سازی لیگاند برای دکینگ: تعیین ساختار سه بعدی و بار
• 7. الگوریتم‌های جستجوی دکینگ: مروری بر روش‌های مختلف
• 8. نرم‌افزار Docking@Home: معرفی و نصب
• 9. رابط کاربری Docking@Home: آشنایی با بخش‌های مختلف
• 10. تعریف محل اتصال (Binding Site): روش‌ها و اهمیت
• 11. ایجاد فایل‌های Input برای Docking@Home
• 12. اجرای دکینگ با Docking@Home: تنظیمات و پارامترها
• 13. تحلیل نتایج دکینگ: امتیازدهی و رتبه‌بندی
• 14. نرم‌افزارهای تجسم مولکولی: PyMOL و VMD
• 15. تجسم نتایج دکینگ: بررسی تعاملات پروتئین-لیگاند
• 16. بررسی تعاملات کلیدی: پیوندهای هیدروژنی، نیروهای واندروالسی و الکترواستاتیک
• 17. اعتبارسنجی نتایج دکینگ: روش‌های تجربی و محاسباتی
• 18. بهینه‌سازی لیگاند: بهبود میل ترکیبی و ویژگی‌های دارویی
• 19. دکینگ بر پایه امتیاز (Score-based docking)
• 20. دکینگ بر پایه شکل (Shape-based docking)
• 21. دکینگ با استفاده از اطلاعات ساختاری (Structure-based docking)
• 22. دکینگ مجازی غربالگری (Virtual Screening)
• 23. دکینگ انعطاف‌پذیر (Flexible Docking)
• 24. دکینگ چندگانه (Multiple Docking)
• 25. دکینگ با در نظر گرفتن آب (Water-mediated docking)
• 26. دکینگ برای پروتئین‌های چندزنجیره‌ای (Multi-chain proteins)
• 27. تحلیل حساسیت دکینگ: بررسی تاثیر پارامترها
• 28. استفاده از Docking@Home در پروژه‌های تحقیقاتی
• 29. موارد کاربردی دکینگ در طراحی داروهای ضدسرطان
• 30. موارد کاربردی دکینگ در طراحی داروهای ضدویروسی
• 31. موارد کاربردی دکینگ در طراحی آنزیم مهارکننده‌ها
• 32. پیش‌بینی میل ترکیبی (Binding Affinity) با استفاده از دکینگ
• 33. بررسی پایداری کمپلکس پروتئین-لیگاند با استفاده از دینامیک مولکولی
• 34. مفاهیم MD simulation و ارتباط آن با دکینگ
• 35. استفاده از داده‌های پروتئومیکس در دکینگ
• 36. دکینگ معکوس (Reverse docking)
• 37. دکینگ مبتنی بر لیگاند (Ligand-based docking)
• 38. دکینگ و مدل‌سازی فارماکوکینتیک (ADMET)
• 39. استفاده از هوش مصنوعی در بهبود دقت دکینگ
• 40. چالش‌ها و محدودیت‌های دکینگ مولکولی
• 41. آینده دکینگ مولکولی و طراحی دارو