دوره نمایش و تحلیل آنسامبل‌های مولکولی: از تئوری تا کاربرد همراه با فلش‌کارت آموزشی — ارائه روی فلش مموری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره نمایش و تحلیل آنسامبل‌های مولکولی: از تئوری تا کاربرد

موضوع کلی: شیمی محاسباتی

موضوع میانی: مدل‌سازی مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر آنسامبل‌های مولکولی و اهمیت آن‌ها
• 2. مفاهیم ترمودینامیک آماری در شیمی محاسباتی
• 3. توابع توزیع احتمال و آنسامبل‌های مولکولی
• 4. انسامبل‌های میکروکانونیکال، کانونی و ایزوباریک-ایزوترمال
• 5. انتخاب آنسامبل مناسب برای سیستم‌های مختلف
• 6. روش‌های نمونه‌برداری از فضای فاز
• 7. روش‌های مونت‌کارلو (Monte Carlo)
• 8. الگوریتم‌های متروپلیس-هستینگز (Metropolis-Hastings)
• 9. روش‌های دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics)
• 10. انتخاب گام زمانی مناسب در دینامیک مولکولی
• 11. پتانسیل‌های بین‌اتمی و میدان‌های نیرو
• 12. معرفی میدان‌های نیروی AMBER
• 13. معرفی میدان‌های نیروی CHARMM
• 14. معرفی میدان‌های نیروی GROMOS
• 15. تأثیر انتخاب میدان نیرو بر نتایج شبیه‌سازی
• 16. روش‌های محاسبه انرژی آزاد
• 17. روش‌های ترمودینامیکی perturbation (PT)
• 18. روش‌های umbrella sampling
• 19. روش‌های free energy perturbation (FEP)
• 20. روش‌های adaptive biasing force (ABF)
• 21. محاسبه خواص ترمودینامیکی از آنسامبل‌های مولکولی
• 22. محاسبه آنتالپی و آنتروپی
• 23. محاسبه ظرفیت گرمایی
• 24. محاسبه انرژی آزاد گیبس
• 25. تحلیل همبستگی در آنسامبل‌های مولکولی
• 26. تابع توزیع شعاعی (Radial Distribution Function)
• 27. تابع خودهمبستگی (Autocorrelation Function)
• 28. تحلیل خوشه‌بندی (Clustering Analysis)
• 29. روش‌های کاهش ابعاد داده‌ها (Dimensionality Reduction)
• 30. تجزیه مولفه‌های اصلی (Principal Component Analysis - PCA)
• 31. تحلیل مختصات اصلی (Principal Component Analysis) در بررسی دینامیک پروتئین
• 32. تحلیل مسیرهای آزاد انرژی (Free Energy Landscape Analysis)
• 33. شناسایی حالت‌های پایدار و ناپایدار مولکولی
• 34. کاربردهای آنسامبل‌های مولکولی در طراحی دارو
• 35. پیش‌بینی میل ترکیبی لیگاند-پروتئین
• 36. غربالگری مجازی (Virtual Screening)
• 37. مطالعه تغییرات ساختاری پروتئین‌ها
• 38. کاربردهای آنسامبل‌های مولکولی در علم مواد
• 39. شبیه‌سازی رفتار مواد در شرایط مختلف
• 40. پیش‌بینی خواص ترمودینامیکی مواد
• 41. مطالعه پایداری و واکنش‌پذیری مواد
• 42. تحلیل داده‌های حاصل از شبیه‌سازی‌های آنسامبل مولکولی
• 43. نرم‌افزارهای رایج در شبیه‌سازی‌های مولکولی
• 44. آموزش کار با نرم‌افزار GROMACS
• 45. آموزش کار با نرم‌افزار NAMD
• 46. آموزش کار با نرم‌افزار AMBER
• 47. اعتبارسنجی نتایج شبیه‌سازی با داده‌های تجربی
• 48. خطاهای رایج در شبیه‌سازی‌های مولکولی و راهکارهای مقابله با آن‌ها
• 49. بهینه‌سازی پارامترهای شبیه‌سازی
• 50. روش‌های موازی‌سازی شبیه‌سازی‌های مولکولی