اپلیکیشن اندرویدی فلش‌کارت آموزشی تحلیل پیشرفته متیلاسیون DNA تک‌سلولی با پلتفرم 10x Chromium

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل پیشرفته متیلاسیون DNA تک‌سلولی با پلتفرم 10x Chromium

موضوع کلی: زیست‌داده‌ورزی و زیست‌شناسی محاسباتی

موضوع میانی: آنالیز داده‌های امیکس تک‌سلولی و اپی‌ژنتیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی اپی‌ژنتیک و اهمیت سنجش متیلاسیون DNA در سطح تک‌سلولی
• 2. معرفی پلتفرم 10x Chromium و فن‌آوری تفکیک سلول‌های منفرد
• 3. اصول آماده‌سازی کتابخانه و روش‌های سنجش متیلاسیون مانند scBS-seq و scCBA
• 4. کنترل کیفیت داده‌های خام خروجی دستگاه (FastQC و Cell Ranger ATAC/DNA)
• 5. فرآیند نگاشت (Alignment) توالی‌های متیله‌شده به ژنوم مرجع
• 6. تخصیص بارکدهای سلولی و جداسازی داده‌های خوانش مربوط به هر سلول
• 7. محاسبه و فراخوانی سایت‌های CpG و میزان متیلاسیون در هر سلول
• 8. فیلتر کردن سلول‌های کم‌کیفیت و حذف قطرات حاوی دو سلول (Doublets)
• 9. نرمال‌سازی داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی و مدیریت ماتریس‌های تنک (Sparse Matrices)
• 10. تحلیل مولفه اصلی (PCA) و کاهش ابعاد داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی
• 11. کاهش ابعاد غیرخطی و مصورسازی سلول‌ها با t-SNE و UMAP
• 12. خوشه‌بندی تک‌سلول‌ها بر اساس پروفایل متیلاسیون DNA
• 13. شناسایی نواحی با متیلاسیون متفاوت (DMRs) بین خوشه‌های سلولی
• 14. یکپارچه‌سازی داده‌های متیلاسیون تک‌سلولی با داده‌های بیان ژن (scRNA-seq)
• 15. تحلیل مسیرهای زیستی و غنی‌سازی ژنی (Pathway & GO Analysis) برای DMRها
• 16. ردیابی مسیر تکوین و شبه‌زمان (Pseudotime Analysis) بر اساس تغییرات اپی‌ژنتیک
• 17. شناسایی تنوع و ناهمگونی سلولی (Cellular Heterogeneity) در بافت‌های سرطانی
• 18. معرفی نرم‌افزارها و بسته‌های R و پایتون تخصصی آنالیز متیلاسیون تک‌سلولی
• 19. تفسیر نتایج زیستی و ارتباط متیلاسیون تک‌سلولی با تنوع فنوتیپی
• 20. اجرای پروژه جامع کاربردی: آنالیز داده‌های خام تا استخراج مارکرهای اپی‌ژنتیکی