اپلیکیشن اندرویدی فلش‌کارت آموزشی جامع تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) با استفاده از زبان برنامه‌نویسی R و ابزارهای Bioconductor

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره جامع تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) با استفاده از زبان برنامه‌نویسی R و ابزارهای Bioconductor

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین زیستی

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی توالی‌یابی نسل جدید و مفاهیم پایه در بیوانفورماتیک
• 2. معرفی محیط برنامه‌نویسی R و بسته‌های زیستی Bioconductor
• 3. مدیریت داده‌های حجیم زیستی و ساختار فایل‌های FASTQ
• 4. کیفیت‌سنجی داده‌های خام با استفاده از ابزار FastQC
• 5. پاک‌سازی و پیش‌پردازش داده‌های توالی‌یابی (Trimming and Filtering)
• 6. آشنایی با فرمت‌های استاندارد ذخیره‌سازی داده‌های ژنومیک
• 7. مفاهیم تراز کردن توالی‌ها (Alignment) به ژنوم مرجع
• 8. کار با ابزارهای ترازکننده نظیر Bowtie2 و STAR
• 9. مدیریت و دستکاری فایل‌های BAM و SAM
• 10. آنالیز بیان ژن‌ها در داده‌های RNA-Seq
• 11. کمی‌سازی بیان ژن با استفاده از ابزارهای FeatureCounts
• 12. بررسی تفاوت بیان ژن‌ها (Differential Gene Expression) با DESeq2
• 13. تحلیل‌های آماری و بصری‌سازی داده‌های بیان ژن
• 14. آشنایی با مفاهیم اپی‌ژنتیک و توالی‌یابی ChIP-Seq
• 15. پیش‌پردازش و کنترل کیفیت داده‌های ChIP-Seq
• 16. تراز کردن توالی‌های ChIP-Seq و شناسایی پیک‌ها (Peak Calling)
• 17. استفاده از MACS2 برای تحلیل داده‌های ChIP-Seq
• 18. تحلیل متیلاسیون DNA و توالی‌یابی Bisulfite
• 19. پیش‌پردازش داده‌های متیلاسیون و حذف نویزها
• 20. شناسایی نواحی متیله شده (DMRs) با بسته‌های Bioconductor
• 21. تجسم داده‌های ژنومیک با استفاده از Gviz و GenomeTracks
• 22. تحلیل‌های غنی‌سازی عملکردی (Gene Ontology Enrichment Analysis)
• 23. تحلیل مسیرهای بیولوژیکی (Pathway Analysis)
• 24. یکپارچه‌سازی انواع داده‌های امیکس
• 25. مدیریت حافظه و بهینه‌سازی کدهای R برای داده‌های بزرگ
• 26. آشنایی با پایگاه‌های داده ژنومیک رسمی و استاندارد
• 27. کاربرد بیوانفورماتیک در تشخیص‌های پزشکی دقیق
• 28. اصول اخلاق در پژوهش‌های ژنتیکی و حفظ محرمانگی داده‌های بیماران
• 29. گزارش‌نویسی و مستندسازی نتایج آنالیزهای بیوانفورماتیک
• 30. پروژه نهایی تحلیل یک مجموعه داده واقعی NGS