MAPress
ترجمه فارسی مقاله تشخیص موارد عفونت همزمان دلتا و اومیکرون در فیلیپین از پایش ژنومی SARS-CoV-2

ترجمه فارسی مقاله تشخیص موارد عفونت همزمان دلتا و اومیکرون در فیلیپین از پایش ژنومی SARS-CoV-2

انتخاب پلن

انتخاب پلن برای ادامه خرید الزامی است.

عنوان مقاله به انگلیسی Detecting Delta and Omicron co-infection cases in the Philippines from SARS-CoV-2 genomic surveillance
عنوان مقاله به فارسی تشخیص موارد عفونت همزمان دلتا و اومیکرون در فیلیپین از پایش ژنومی SARS-CoV-2
نویسندگان Adeliza Mae L. Realingo, Francisco Gerardo M. Polotan, Miguel Francisco B. Abulencia, Roslind Anne R. Pantoni, Jessel Babe G. Capin, Gerald Ivan Sotelo, Maria Carmen A. Corpuz, Neil Tristan M. Yabut, Saul M. Rojas, Amalea Dulcene Nicolasora, Ma. Angelica Tujan, Karen Iana Tomas, Ardiane Ysabelle Dolor, Czarina Christelle Alyannah Celis, Stephen Paul Ortia, Ezekiel Melo, Chelsea Mae Reyes, Elijah Miguel P. Flores, Anne Pauline A. Alpino, Aldwin Kim A. Penales, Kathlene Mae C. Medina, Joanna Ina Manalo, Timothy John R. Dizon, Katie Hampson, Sandeep Kasaragod, ProfileJoseph Hughes, Kirstyn Brunker
فرمت مقاله انگلیسی PDF
تعداد صفحات 35
لینک دانلود رایگان مقاله انگلیسی دانلود مقاله
دسته بندی موضوعات Infectious Diseases (except HIV/AIDS) بیماری های عفونی (به جز HIV/AIDS)

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

علاوه بر مقاله اصلی انگلیسی که دریافت می کنید، برای یادگیری عمیق‌تر و تسلط کامل بر مباحث مجموعه‌ای از کتاب‌های آموزشی نیز ارائه می‌شود.

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی.

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

چکیده

Co-infection with multiple SARS-CoV-2 variants, though rare, may have clinical and public health implications, including facilitating variant recombination. Early detection of co-infections is therefore crucial. In this study, we report two probable cases of co-infection identified during routine genomic surveillance. Initially suspected as cross-contamination due to the presence of private mutations and nucleotide mixtures flagged by Nextclade and bammix, the samples were re-extracted and resequenced after workspace decontamination, yet the anomalies persisted. To investigate further, we developed a bioinformatics pipeline incorporating tools such as Pangolin, Nextclade, and bammix, which consistently revealed lineage inconsistencies and nucleotide mixtures in both samples. Lineage abundance results from Freyja supported the presence of multiple variants within each sample, while VirStrain confirmed the inconsistent lineage assignment. We also visualised the alternative allele fractions for each lineage-defining mutation and amplicon, which revealed evidence of two variants — Delta and Omicron — co-existing within a single amplicon, indicative of co-infection. Amplicon sorting effectively separated the reads corresponding to the two variants, and the resulting consensus sequences aligned with their respective lineage assignments. These findings suggest that the first sample, PH-RITM-1395, involved a Delta-Omicron co-infection, while the second sample, PH-RITM-4146, was a recombinant case. To further support the second sample’s recombinant nature, we employed sc2rf, which identified breakpoints consistent with Delta-Omicron recombination. Retrospective analysis of 1,078 samples from July 2021 to July 2022, encompassing the period of co-circulation of different variants in the Philippines, flagged four additional co-infection cases, including Delta-Omicron and Beta-Omicron suggesting a lower bound co-infection rate of 0.27%, and 0.19%, respectively. Our findings underscore the critical importance of real-time genomic surveillance and advanced bioinformatics pipelines in detecting SARS-CoV-2 co-infections and variant recombination. Such insights are vital to anticipating shifts in viral evolution, offering insights for public health preparedness.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

عفونت مشترک با انواع مختلف SARS-COV-2 ، گرچه نادر است ، اما ممکن است پیامدهای بالینی و بهداشت عمومی داشته باشد ، از جمله تسهیل نوترکیب نوع.بنابراین تشخیص زودرس عفونت های مشترک بسیار مهم است.در این مطالعه ، ما دو مورد احتمالی عفونت را که در طول نظارت روتین ژنومی مشخص شده است ، گزارش می کنیم.در ابتدا به دلیل وجود جهش های خصوصی و مخلوط های نوکلئوتیدی که توسط Nextclade و Bammix پرچم گذاری شده بودند ، به عنوان آلودگی متقابل مشکوک شدند ، نمونه ها پس از آلودگی فضای کاری مجدداً مجدداً مورد استفاده قرار گرفتند و از آن جدا شدند ، اما ناهنجاری ها همچنان ادامه داشتند.برای بررسی بیشتر ، ما یک خط لوله بیوانفورماتیک را با ابزارهایی مانند Pangolin ، NextClade و Bammix تهیه کردیم که به طور مداوم ناسازگاری های نسب و مخلوط های نوکلئوتیدی را در هر دو نمونه نشان می دهد.نتایج فراوانی Lineage از Freyja از وجود انواع مختلف در هر نمونه پشتیبانی می کند ، در حالی که Virstrain تکلیف اصل و نسب متناوب را تأیید کرد.ما همچنین کسری آلل جایگزین را برای هر جهش تعریف کننده و amplicon ، که شواهدی از دو نوع-دلتا و Omicron-موجود در یک آمپلیکون واحد را نشان داد ، نشان داد ، نشانگر عفونت است.مرتب سازی آمپلیکون به طور مؤثر خواندن های مربوط به دو نوع را از هم جدا کرد و توالی اجماع حاصل با تکالیف مربوط به اصل و نسب مربوطه هماهنگ شد.این یافته ها نشان می دهد که نمونه اول ، PH-RITM-1395 ، شامل یک عفونت دلتا-ارکرون ، در حالی که نمونه دوم ، PH-RITM-4146 ، یک مورد نوترکیب بود.برای پشتیبانی بیشتر از ماهیت نوترکیب نمونه دوم ، ما از SC2RF استفاده کردیم ، که نقاط شکست سازگار با نوترکیب دلو-ارکرون را مشخص کرد.تجزیه و تحلیل گذشته نگر از 1،078 نمونه از ژوئیه 2021 تا ژوئیه 2022 ، شامل دوره گردش همزمان انواع مختلف در فیلیپین ، چهار مورد عفونت اضافی اضافی ، از جمله Delta-Omicron و بتا ارکرون را نشان می دهد که نشان دهنده میزان عفونت با مرز پایین تر استاز 0.27 ٪ و به ترتیب 0.19 ٪.یافته های ما تأکید بر اهمیت اساسی نظارت ژنومی در زمان واقعی و خطوط لوله پیشرفته بیوانفورماتیک در تشخیص همزمان های SARS-COV-2 و نوترکیبی متفاوت است.چنین بینش هایی برای پیش بینی تغییرات در تکامل ویروسی بسیار مهم است و بینش هایی را برای آمادگی بهداشت عمومی ارائه می دهد.

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

علاوه بر مقاله اصلی انگلیسی که دریافت می کنید، برای یادگیری عمیق‌تر و تسلط کامل بر مباحث مجموعه‌ای از کتاب‌های آموزشی نیز ارائه می‌شود.

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی.

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

نظرات

هنوز نظری ثبت نشده است.

وارد شوید تا نظر ثبت کنید.