Submitted 22 August, 2024; originally announced August 2024. , Comments: All anonymous reviewers' constructive suggestions are appreciated. The next version will be updated soon
توضیحات به فارسی
ارسال شده در 22 اوت 2024 ؛در ابتدا اوت 2024 اعلام شد. ، نظرات: از همه پیشنهادات سازنده ناشناس ناشناس قدردانی می شود.نسخه بعدی به زودی به روز می شود
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه یادگیری سریع
— پاسخها بلافاصله بعد از سؤال برای مرور سریع
مشاهده نمونه نسخه کوییز سریع
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه خودآزمایی
— پاسخها در انتهای بخشها برای سنجش واقعی یادگیری
مشاهده نمونه نسخه آزمونی
🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتابها، تمرینها و خودآزمایی.
ℹ️ نکات مهم هنگام خرید
این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه میشود.
توجه: لینکهای اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال میشوند.
دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینکها را دریافت نکردهاید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا
لینکها دوباره ارسال شوند.
💬 راههای ارتباطی پشتیبانی: واتساپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک:
09395106248 تلگرام: @ma_limbs
چکیده
Transcriptome foundation models TFMs hold great promises of deciphering the transcriptomic language that dictate diverse cell functions by self-supervised learning on large-scale single-cell gene expression data, and ultimately unraveling the complex mechanisms of human diseases. However, current TFMs treat cells as independent samples and ignore the taxonomic relationships between cell types, which are available in cell ontology graphs. We argue that effectively leveraging this ontology information during the TFM pre-training can improve learning biologically meaningful gene co-expression patterns while preserving TFM as a general purpose foundation model for downstream zero-shot and fine-tuning tasks. To this end, we present \textbf{s}ingle \textbf{c}ell, \textbf{Cell}-\textbf{o}ntology guided TFM scCello. We introduce cell-type coherence loss and ontology alignment loss, which are minimized along with the masked gene expression prediction loss during the pre-training. The novel loss component guide scCello to learn the cell-type-specific representation and the structural relation between cell types from the cell ontology graph, respectively. We pre-trained scCello on 22 million cells from CellxGene database leveraging their cell-type labels mapped to the cell ontology graph from Open Biological and Biomedical Ontology Foundry. Our TFM demonstrates competitive generalization and transferability performance over the existing TFMs on biologically important tasks including identifying novel cell types of unseen cells, prediction of cell-type-specific marker genes, and cancer drug responses.
چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)
مدل های بنیاد Transcriptome TFMS وعده های بزرگی برای رمزگشایی زبان transcriptomic که عملکردهای سلول های متنوعی را با یادگیری خودکارد شده در داده های بیان ژن تک سلولی در مقیاس بزرگ دیکته می کند ، و در نهایت پرده برداری از مکانیسم های پیچیده بیماریهای انسانی است.با این حال ، TFM های فعلی سلول ها را به عنوان نمونه مستقل درمان می کنند و روابط طبقه بندی بین انواع سلول را که در نمودارهای هستی شناسی سلول موجود است ، نادیده می گیرند.ما استدلال می کنیم که به طور مؤثر استفاده از این اطلاعات هستی شناسی در طول TFM قبل از آموزش می تواند یادگیری الگوهای بیان ژن بیولوژیکی معنی دار را در حالی که TFM را به عنوان یک مدل پایه و اساس کلی برای کارهای صفر پایین دست و کارهای تنظیم دقیق بهبود می بخشد ، بهبود بخشد.برای این منظور ، ما \ textbf {s} ingle \ textbf {c} el ، \ textbf {سلول}-\ textBf {o} ntology هدایت tfm sccello را ارائه می دهیم.ما از دست دادن انسجام از نوع سلول و از دست دادن هستی شناسی را معرفی می کنیم ، که به همراه با از دست دادن پیش بینی ژن نقاب دار در طول پیش از آموزش به حداقل می رسند.مؤلفه از دست دادن رمان SCCELLO را برای یادگیری بازنمایی خاص از نوع سلول و رابطه ساختاری بین انواع سلول از نمودار هستی شناسی سلول به ترتیب راهنمایی می کند.ما SCCELLO را از قبل آموزش داده شده در 22 میلیون سلول از پایگاه داده Celxgene با استفاده از برچسب های نوع سلولی آنها نقشه برداری شده به نمودار هستی شناسی سلول از ریخته گری هستی شناسی بیولوژیکی باز و زیست شناسی.TFM ما تعمیم رقابتی و عملکرد قابلیت انتقال نسبت به TFM های موجود در کارهای مهم بیولوژیکی از جمله شناسایی انواع سلولهای جدید سلولهای غیب ، پیش بینی ژنهای نشانگر خاص سلول و پاسخ به داروهای سرطانی را نشان می دهد.
📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)
علاوه بر مقاله اصلی انگلیسی که دریافت می کنید، برای یادگیری عمیقتر و تسلط کامل بر مباحث مجموعهای از کتابهای آموزشی نیز ارائه میشود.
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه یادگیری سریع
— پاسخها بلافاصله بعد از سؤال برای مرور سریع
مشاهده نمونه نسخه کوییز سریع
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه خودآزمایی
— پاسخها در انتهای بخشها برای سنجش واقعی یادگیری
مشاهده نمونه نسخه آزمونی
🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتابها، تمرینها و خودآزمایی.
ℹ️ نکات مهم هنگام خرید
این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه میشود.
توجه: لینکهای اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال میشوند.
دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینکها را دریافت نکردهاید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا
لینکها دوباره ارسال شوند.
💬 راههای ارتباطی پشتیبانی: واتساپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک:
09395106248 تلگرام: @ma_limbs
