ترجمه فارسی مقاله پیش بینی کمی ترمودینامیک اتصال پروتئین-پلی الکترولیت: جذب پلی سولفات های آنالوگ هپارین به RBD پروتئین اسپایک SARS-CoV-2
عنوان مقاله به انگلیسی
Quantitative Prediction of Protein-Polyelectrolyte Binding Thermodynamics: Adsorption of Heparin-Analog Polysulfates to the SARS-CoV-2 Spike Protein RBD
عنوان مقاله به فارسی
پیش بینی کمی ترمودینامیک اتصال پروتئین-پلی الکترولیت: جذب پلی سولفات های آنالوگ هپارین به RBD پروتئین اسپایک SARS-CoV-2
نویسندگان
Lenard Neander, Cedric Hannemann, Roland R. Netz, Anil Kumar Sahoo
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه یادگیری سریع
— پاسخها بلافاصله بعد از سؤال برای مرور سریع
مشاهده نمونه نسخه کوییز سریع
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه خودآزمایی
— پاسخها در انتهای بخشها برای سنجش واقعی یادگیری
مشاهده نمونه نسخه آزمونی
🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتابها، تمرینها و خودآزمایی.
ℹ️ نکات مهم هنگام خرید
این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه میشود.
توجه: لینکهای اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال میشوند.
دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینکها را دریافت نکردهاید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا
لینکها دوباره ارسال شوند.
💬 راههای ارتباطی پشتیبانی: واتساپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک:
09395106248 تلگرام: @ma_limbs
چکیده
Interactions of polyelectrolytes (PEs) with proteins play a crucial role in numerous biological processes, such as the internalization of virus particles into host cells. Although docking, machine learning methods, and molecular dynamics (MD) simulations are utilized to estimate binding poses and binding free energies of small-molecule drugs to proteins, quantitative prediction of the binding thermodynamics of PE-based drugs presents a significant obstacle in computer-aided drug design. This is due to the sluggish dynamics of PEs caused by their size and strong charge-charge correlations. In this paper, we introduce advanced sampling methods based on a force-spectroscopy setup and theoretical modeling to overcome this barrier. We exemplify our method with explicit solvent all-atom MD simulations of interactions of anionic PEs that show antiviral properties, namely heparin and linear polyglycerol sulfate (LPGS), with the SARS-CoV-2 spike protein receptor binding domain (RBD). Our prediction for the binding free energy of LPGS to the wild-type RBD matches experimentally measured dissociation constants within thermal energy, kT, and correctly reproduces the experimental PE-length dependence. We find that LPGS binds to the Delta-variant RBD with an additional free-energy gain of 2.4 kT, compared to the wild-type RBD, in accord with electrostatic arguments. We show that the LPGS-RBD binding is solvent-dominated and enthalpy-driven, though with a large entropy-enthalpy compensation. Our method is applicable to general polymer adsorption phenomena and predicts precise binding free energies and re-configurational friction as needed for drug and drug-delivery design.
چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)
فعل و انفعالات پلی الکترولیت ها (PE) با پروتئین ها نقش مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی متعدد ، مانند درونی سازی ذرات ویروس در سلول های میزبان دارند.اگرچه اتصال ، روشهای یادگیری ماشین و دینامیک مولکولی (MD) برای برآورد پوزهای اتصال و اتصال انرژی آزاد داروهای مولکول کوچک به پروتئین ها استفاده می شود ، پیش بینی کمی از ترمودینامیک اتصال داروهای مبتنی بر PE باعث ایجاد مانع قابل توجهی در رایانه می شود.طراحی داروی کمک شده.این به دلیل پویایی لاغر PES ناشی از اندازه آنها و همبستگی شارژ قوی است.در این مقاله ، ما روشهای نمونه برداری پیشرفته را بر اساس یک تنظیم نیرو طیف و مدل سازی نظری برای غلبه بر این سد معرفی می کنیم.ما روش خود را با شبیه سازی MD تمام اتم آشکار حلال صریح از تعامل PE های آنیونی که خصوصیات ضد ویروسی ، یعنی هپارین و سولفات پلی گلیسرول خطی (LPG) را نشان می دهد ، با دامنه اتصال پروتئین سنبله SARS-COV-2 (RBD) مثال می زنیم.پیش بینی ما برای انرژی آزاد اتصال LPG ها به RBD از نوع وحشی مطابقت دارد که ثابت های تفکیک تجربی در انرژی حرارتی ، KT اندازه گیری می شود و به درستی وابستگی به طول PE را تولید می کند.ما می دانیم که LPG ها مطابق با استدلال های الکترواستاتیک ، با افزایش انرژی آزاد 2.4 کیلوگرم ، در مقایسه با RBD از نوع وحشی ، به Delta-VarianT RBD متصل می شوند.ما نشان می دهیم که اتصال LPGS-RBD دارای حلال و آنتالپی محور است ، اگرچه با جبران آنتروپی-آنتروپی-آنتالپی.روش ما برای پدیده های جذب پلیمر عمومی کاربرد دارد و انرژی های دقیق اتصال را بدون اتصال و اصطکاک مجدد مجدد در صورت نیاز برای طراحی مواد مخدر و مواد مخدر پیش بینی می کند.
📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)
علاوه بر مقاله اصلی انگلیسی که دریافت می کنید، برای یادگیری عمیقتر و تسلط کامل بر مباحث مجموعهای از کتابهای آموزشی نیز ارائه میشود.
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه یادگیری سریع
— پاسخها بلافاصله بعد از سؤال برای مرور سریع
مشاهده نمونه نسخه کوییز سریع
کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینهای – نسخه خودآزمایی
— پاسخها در انتهای بخشها برای سنجش واقعی یادگیری
مشاهده نمونه نسخه آزمونی
🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتابها، تمرینها و خودآزمایی.
ℹ️ نکات مهم هنگام خرید
این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه میشود.
توجه: لینکهای اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال میشوند.
دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های محصول همان جا برای شما ارسال گردد.)
اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینکها را دریافت نکردهاید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا
لینکها دوباره ارسال شوند.
💬 راههای ارتباطی پشتیبانی: واتساپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک:
09395106248 تلگرام: @ma_limbs
