ترجمه فارسی مقاله ترانسفورماتورهای بیوسکانسی چند امیکی در مقیاس بزرگ برای مدل‌سازی برهمکنش‌های پپتید-نوکلئوتید

• کتاب صدها نکته فارسی (خودمونی) – نسخه PDF — زبان ساده و کاربردی
  مشاهده نمونه نسخه نکات ساده
• کتاب صدها نکته رسمی فارسی – نسخه PDF — نگارش استاندارد و علمی
  مشاهده نمونه نسخه نکات رسمی
• کتاب صدها پرسش و پاسخ تشریحی – نسخه PDF
  — هر سؤال همراه با پاسخ کامل برای درک عمیق مفاهیم
  مشاهده نمونه نسخه پرسش و پاسخ
• کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینه‌ای – نسخه یادگیری سریع
  — پاسخ‌ها بلافاصله بعد از سؤال برای مرور سریع
  مشاهده نمونه نسخه کوییز سریع
• کتاب پرسش و پاسخ چهارگزینه‌ای – نسخه خودآزمایی
  — پاسخ‌ها در انتهای بخش‌ها برای سنجش واقعی یادگیری
  مشاهده نمونه نسخه آزمونی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل ویدیوهای آموزشی، کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی.

چکیده

The transformer architecture has revolutionized bioinformatics and driven progress in the understanding and prediction of the properties of biomolecules. Almost all research on large-scale biosequence transformers has focused on one domain at a time (single-omic), usually nucleotides or peptides. These models have seen incredible success in downstream tasks in each domain and have achieved particularly noteworthy breakthroughs in sequences of peptides and structural modeling. However, these single-omic models are naturally incapable of modeling multi-omic tasks, one of the most biologically critical being nucleotide-peptide interactions. We present our work training the first multi-omic nucleotide-peptide foundation models. We show that these multi-omic models (MOMs) can learn joint representations between various single-omic distributions that are emergently consistent with the Central Dogma of molecular biology, despite only being trained on unlabeled biosequences. We further demonstrate that MOMs can be fine-tuned to achieve state-of-the-art results on peptide-nucleotide interaction tasks, namely predicting the change in Gibbs free energy (ΔG) of the binding interaction between a given oligonucleotide and peptide, as well as the effect on this binding interaction due to mutations in the oligonucleotide sequence (ΔΔG). Remarkably, we show that multi-omic biosequence transformers emergently learn useful structural information without any prior structural training, allowing us to predict which peptide residues are most involved in the peptide-nucleotide binding interaction. Lastly, we provide evidence that multi-omic biosequence models are non-inferior to foundation models trained on single-omics distributions, suggesting a more generalized or foundational approach to building these models.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)