عنوان کتاب به انگلیسی: |
Bioinformatics with Python Cookbook: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge research in computational biology, 2nd Edition |
| سال انتشار: 2018 | 352 صفحه | حجم فایل: 25 مگابایت | زبان: انگلیسی |
| نویسنده | Tiago Antao |
| ناشر | Packt Publishing |
| ISBN10: | 1789344697 |
| ISBN13: | 9781789344691 |
توضیحات کتاب
Key FeaturesPerform complex bioinformatics analysis using the most important Python libraries and applications
Implement next-generation sequencing, metagenomics, automating analysis, population genetics, and more
Explore various statistical and machine learning techniques for bioinformatics data analysisBook Description
Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data.
This book covers next-generation sequencing, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics. You’ll learn modern programming techniques to analyze large amounts of biological data. With the help of real-world examples, you’ll convert, analyze, and visualize datasets using various Python tools and libraries.
This book will help you get a better understanding of working with a Galaxy server, which is the most widely used bioinformatics web-based pipeline system. This updated edition also includes advanced next-generation sequencing filtering techniques. You’ll also explore topics such as SNP discovery using statistical approaches under high-performance computing frameworks such as Dask and Spark.
By the end of this book, you’ll be able to use and implement modern programming techniques and frameworks to deal with the ever-increasing deluge of bioinformatics data.
What you will learn
Learn how to process large next-generation sequencing (NGS) datasets
Work with genomic dataset using the FASTQ, BAM, and VCF formats
Learn to perform sequence comparison and phylogenetic reconstruction
Perform complex analysis with protemics data
Use Python to interact with Galaxy servers
Use High-performance computing techniques with Dask and Spark
Visualize protein dataset interactions using Cytoscape
Use PCA and Decision Trees, two machine learning techniques, with biological datasets
Who this book is for
This book is for Data data Scientistsscientists, Bioinformatics bioinformatics analysts, researchers, and Python developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems using a recipe-based approach. Working knowledge of the Python programming language is expected.
Table of Contents
Python and the Surrounding Software Ecology
Next-generation Sequencing
Working with Genomes
Population Genetics
Population Genetics Simulation
Phylogenetics
Using the Protein Data Bank
Bioinformatics pipelines
Python for Big Genomics Datasets
Other Topics in Bioinformatics
Machine learning in Bioinformatics
توضیحات کتاب به فارسی (ترجمه ماشینی)
کتابخانه های توالی نسل مدرن و مدرن را از اکوسیستم پایتون کشف کنید تا مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی را تجزیه و تحلیل کنید
ویژگی های کلیدی
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیچیده را با استفاده از مهمترین کتابخانه ها و برنامه های پایتون انجام دهید
اجرای توالی نسل بعدی ، متاژنومیک ، تجزیه و تحلیل خودکار ، ژنتیک جمعیت و موارد دیگر
تکنیک های مختلف یادگیری آماری و ماشین را برای تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک کشف کنید
توضیحات کتاب
Bioinformatics یک زمینه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از محاسبات ساده و پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده های بیولوژیکی استفاده می کند.
این کتاب توالی نسل بعدی ، ژنومیک ، متاژنومیک ، ژنتیک جمعیت ، فیلوژنتیک و پروتئومیک را در بر می گیرد.شما تکنیک های برنامه نویسی مدرن را برای تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی یاد خواهید گرفت.با کمک نمونه های دنیای واقعی ، مجموعه داده ها را با استفاده از ابزارها و کتابخانه های مختلف پایتون تبدیل ، تجزیه و تحلیل و تجسم می کنید.
این کتاب به شما کمک می کند تا درک بهتری از کار با سرور گلکسی داشته باشید ، که بیشترین استفاده از سیستم خط لوله مبتنی بر وب بیوانفورماتیک است.این نسخه به روز شده همچنین شامل تکنیک های فیلتر توالی نسل بعدی پیشرفته است.همچنین می توانید مباحثی مانند Discovery SNP را با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوب های محاسباتی با کارایی بالا مانند Dask و Spark کشف کنید.
با پایان این کتاب ، شما قادر خواهید بود از تکنیک ها و چارچوب های برنامه نویسی مدرن برای مقابله با هجوم روزافزون داده های بیوانفورماتیک استفاده و پیاده سازی کنید.
آنچه یاد خواهید گرفت
بیاموزید که چگونه مجموعه داده های توالی نسل بعدی (NGS) را پردازش کنید
با استفاده از قالب های FastQ ، BAM و VCF با مجموعه داده های ژنومی کار کنید
یاد بگیرید که مقایسه توالی و بازسازی فیلوژنتیک را انجام دهید
تجزیه و تحلیل پیچیده را با داده های پروتئینی انجام دهید
از پایتون برای تعامل با سرورهای کهکشان استفاده کنید
از تکنیک های محاسبات با کارایی بالا با Dask و Spark استفاده کنید
تعامل مجموعه داده های پروتئین را با استفاده از سیتوسک تجسم کنید
از PCA و درختان تصمیم ، دو روش یادگیری ماشین ، با مجموعه داده های بیولوژیکی استفاده کنید
این کتاب برای چه کسی است
این کتاب برای دانشمندان داده های داده ، دانشمندان ، بیوانفورماتیک تحلیلگران ، محققان و توسعه دهندگان پایتون که می خواهند با استفاده از یک رویکرد مبتنی بر دستور العمل ، به مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیک واسطه ای بپردازند.دانش کار از زبان برنامه نویسی پایتون انتظار می رود.
فهرست مطالب
پایتون و اکولوژی نرم افزار اطراف
توالی نسل بعدی
کار با ژنوم
ژنتیک جمعیت
شبیه سازی ژنتیک جمعیت
فلوژنتیک
با استفاده از بانک داده پروتئین
خط لوله های بیوانفورماتیک
پایتون برای مجموعه داده های بزرگ ژنومیک
مباحث دیگر در بیوانفورماتیک
یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک
| توجه کنید که این محصول به صورت فایل دانلودی است و نه کتاب کاغذی. |
| به هنگام خرید به زبان درج شده برای کتاب حتما توجه کنید. به صورت معمول در اکثر موارد زبان کتاب فارسی نیست. |
| در صورت هرگونه مشکل در دریافت کتاب به شماره 09395106248 پیامک دهید. |
| درج شماره موبایل برای سفارش ضروری نیست ولی ترجیح آن است درج گردد تا در صورت بروز مشکل اولین راه ارتباطی ما با شما باشد. |
|
چنانچه در دریافت محصول به هر دلیلی با مشکل روبرو شدید و مطمئن از پرداخت موفق وجه هستید به شماره تماس زیر نام، نام خانوادگی و نام محصول را پیامک بزنید تا لینک محصول سریعا برای شما ارسال گردد.
شماره تماس: 09395106248 |
نقد و بررسی‌ها
هنوز بررسی‌ای ثبت نشده است.