ترجمه فارسی مقاله vPro-MS شناسایی ویروس‌های بیماری‌زای انسانی را از نمونه‌های بیمار با استفاده از پروتئومیکس غیرهدفمند امکان‌پذیر می‌سازد.

چکیده

Viral infections are commonly diagnosed by the detection of viral genome fragments or proteins using targeted methods such as PCR and immunoassays. In contrast, metagenomics enables the untargeted identification of viral genomes, expanding its applicability across a broader spectrum. In this study, we introduce proteomics as a complementary approach for the untargeted identification of human-pathogenic viruses from patient samples. The viral proteomics workflow (vPro-MS) is based on an in-silico derived peptide library covering the human virome in UniProtKB (331 viruses, 20,386 genomes, 121,977 peptides), which was especially designed for diagnostic purposes. A scoring algorithm (vProID score) was developed to assess the confidence of virus identification from proteomics data (https://github.com/RKI-ZBS/vPro-MS). In combination with high-throughput diaPASEF-based data acquisition, this workflow enables the analysis of up to 60 samples per day. The specificity was determined to be > 99,9 % in an analysis of 221 plasma, swab and cell culture samples covering 18 different viruses (e.g. SARS, MERS, EBOV, MPXV). The sensitivity of this approach for the detection of SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs corresponds to a PCR cycle threshold of 27 with comparable quantitative accuracy to metagenomics. vPro-MS enables the integration of untargeted virus identification in large-scale proteomic studies of biofluids such as human plasma to detect previously undiscovered virus infections in patient specimens.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

عفونت های ویروسی معمولاً با تشخیص قطعات ژنوم ویروسی یا پروتئین ها با استفاده از روشهای هدفمند مانند PCR و سیستم ایمنی بدن تشخیص داده می شوند.در مقابل ، متاگنومیک شناسایی بدون هدف ژنوم ویروسی را امکان پذیر می کند و کاربرد آن را در یک طیف گسترده تر گسترش می دهد.در این مطالعه ، ما پروتئومیکس را به عنوان یک رویکرد مکمل برای شناسایی بدون هدف ویروس های گیاهی انسان از نمونه های بیمار معرفی می کنیم.گردش کار پروتئومیکس ویروسی (VPRO-MS) مبتنی بر یک کتابخانه پپتید مشتق شده در سیلیکو است که ویروس انسان را در UNIPROTKB (331 ویروس ، 20386 ژنوم ، 121.977 پپتید) پوشش می دهد ، که مخصوصاً برای اهداف تشخیصی طراحی شده است.یک الگوریتم امتیاز دهی (نمره VProid) برای ارزیابی اعتماد به نفس شناسایی ویروس از داده های پروتئومیکس (https://github.com/rki-zbs/vpro-ms) تهیه شد.در ترکیب با کسب داده های مبتنی بر DiapaseF با توان بالا ، این گردش کار تجزیه و تحلیل حداکثر 60 نمونه در روز را امکان پذیر می کند.این ویژگی در تجزیه و تحلیل 221 نمونه کشت پلاسما ، سواب و سلول که شامل 18 ویروس مختلف (به عنوان مثال SARS ، MERS ، EBOV ، MPXV)> 99،9 ٪ مشخص شد ، مشخص شد.حساسیت این روش برای تشخیص SARS-COV-2 در سواب های نازوفارنکس مربوط به آستانه چرخه PCR 27 با دقت کمی قابل مقایسه با متاژنومیک است.VPRO-MS ادغام شناسایی ویروس بدون هدف در مطالعات پروتئومیک در مقیاس بزرگ بیوفلوئیدها مانند پلاسما انسان را برای شناسایی عفونت های ویروس قبلاً کشف نشده در نمونه های بیمار امکان پذیر می کند.