ترجمه فارسی مقاله توالی خواندن طولانی عملکرد تشخیصی را برای کاهش شنوایی حسی عصبی کودکان افزایش می دهد

چکیده

The diagnostic yield of genetic testing for pediatric sensorineural hearing loss (SNHL) has remained at around 40% for over a decade despite newly discovered causative genes and the expanded use of exome sequencing (ES). This stagnation may be due to (1) a focus on coding regions of the genome and (2) an inability to resolve variants in complex genomic regions due to reliance on short-read sequencing technologies. Short-read genome sequencing (srGS) and long-read genome sequencing (lrGS) both provide exonic single nucleotide variant (SNV) and small indel detection at the same sensitivity as ES, but also evaluate intronic regions. lrGS provides improved resolution for structural variants (SV) and repetitive genomic regions. We sought to investigate the potential utility of lrGS in the diagnostic evaluation of a small cohort of patients with SNHL of unknown etiology after ES and srGS. 19 pediatric patients with SNHL underwent lrGS via PacBio SMRT sequencing. Sequencing data were processed using the PacBio WGS variant pipeline. The diagnostic yield for this lrGS cohort was 4/19 (21%). Relevant variants detected only with lrGS included a hemizygous deletion in trans with a missense variant in an area of high genomic homology (OTOA) and two single nucleotide loss-of-function variants in trans to a known copy-number-loss for a gene with a highly homologous pseudogene (STRC). A complex inversion was identified in the MITF gene which was also identified on post-hoc analysis by srGS. LrGS provides improved resolution for complex genomic structural variation which may increase diagnostic yield for genetic pediatric SNHL, and, potentially, rare disease more broadly.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

عملکرد تشخیصی آزمایش ژنتیکی برای کاهش شنوایی حرکتی کودکان (SNHL) با وجود ژنهای علتی تازه کشف شده و استفاده گسترده از توالی اگزوم (ES) در حدود 40 ٪ باقی مانده است.این رکود ممکن است به دلیل (1) تمرکز بر مناطق کدگذاری ژنوم و (2) عدم توانایی در حل انواع در مناطق پیچیده ژنومی به دلیل اتکا به فن آوری های توالی کوتاه خواندن باشد.توالی ژنوم کوتاه خوانده شده (SRGS) و توالی ژنوم طولانی خوانده شده (LRG) هر دو نوع نوکلئوتید تک اگزونیک (SNV) و تشخیص Indel کوچک را در همان حساسیت به عنوان ES ارائه می دهند ، بلکه مناطق اینتیک را نیز ارزیابی می کنند.LRGS وضوح بهبود یافته را برای انواع ساختاری (SV) و مناطق ژنومی تکراری فراهم می کند.ما به دنبال بررسی ابزار بالقوه LRG در ارزیابی تشخیصی یک گروه کوچک از بیماران مبتلا به SNHL از علت ناشناخته پس از ES و SRGS بودیم.19 بیمار کودکان مبتلا به SNHL از طریق توالی PACBIO SMRT تحت LRGS قرار گرفتند.داده های توالی با استفاده از خط لوله نوع PACBIO WGS پردازش شدند.عملکرد تشخیصی برای این گروه LRGS 4/19 (21 ٪) بود.انواع مربوطه فقط با LRG ها شامل حذف همزیگوس در ترانس با یک نوع بدخلقی در منطقه ای از همسانی ژنومی بالا (OTOA) و دو نوع از دست دادن عملکرد تک نوکلئوتیدی واحد در ترانس به یک ضایعات کپی شناخته شده برای یک ژن با یک ژن با یک ژن با یک ژن شناخته شده است.یک شبه زایی بسیار همولوگ (STRC).وارونگی پیچیده در ژن MITF مشخص شد که در تجزیه و تحلیل پس از تعقیب توسط SRG ها نیز مشخص شد.LRGS وضوح بهبود یافته را برای تنوع ساختاری ژنومی پیچیده فراهم می کند که ممکن است عملکرد تشخیصی را برای SNHL ژنتیکی کودکان و به طور بالقوه بیماری نادر به طور گسترده تر افزایش دهد.